Die bekanntesten Vektoren sind Plasmide, Cosmide, Phagen und YACs. Plasmide sind ringförmige DNA-Moleküle, die in Bakterien vorkommen. In diese DNA-Moleküle kann man maximal 15kbp-lange DNA-Sequenzen einführen. Phagen sind Viren, deren Wirt das Bakterium E. Coli ist. Sie können bis zu 25kbp-lange Fremdsequenzen mit Hilfe von Wirtszellen vermehren. Cosmide sind Phagen, bei denen die eigentliche Pagen-DNA durch die zu kopierende Sequenz ersetzt wird. Von der ursprünglichen Phagen-DNA bleiben nur noch einige für die Vermehrung notwendige DNA-Sequenzen übrig. YAC steht für Yeast-Artificial-Chromosome. Bei diesem Verfahren synthetisiert man ein künstliches Chromosom, das dem Genom der Hefe hinzugefügt wird. Das künstliche Chromosom besteht aus Steuersequenzen für die Zellteilung und dem zu kopierenden DNA-Molekül, das bis zu 1000000 Basenpaare lang sein kann.