Wie kann man DNA-Moleküle in kleinere Einheiten zerlegen?

Bei der Shotgun-Methode   zerstäubt man eine DNA-Lösung, die nur Kopien eines DNA-Moleküls enthält, indem man die Lösung mit hohem Druck durch eine feine Düse preßt. Bei einem anderen Verfahren wird mit Ultraschall gearbeitet.

Das eleganteste Verfahren benutzt Restriktionsendonukleasen , um DNA-Moleküle an wohldefinierten Stellen zu zerschneiden. Eine bestimmte Restriktionsendonuklease schneidet die DNA-Sequenz an Stellen, wo eine bestimmte Teilsequenz, wie zum Beispiel GAATTC (EcoRI), vorkommt. Man beachte, daß das Komplement dieser Sequenz in der richtigen Orientierung (von 5' nach 3') mit der Sequenz übereinstimmt. Eine solche Teilsequenz nennt man Palindrom . Diese Sequenz kommt immer, wenn sie in einem Strang vorhanden ist, auch in dem komplementären Strang vor. Im Falle von EcoRI findet der Schnitt zwischen G und dem ersten A in beiden Strängen statt (siehe Abb. 12).

  

Abbildung 12: Die DNA vor und nach der Zerlegung mit EcoRI.