Sequenzvergleich

Die wohl mit am Abstand am häufigsten verwendeten und erfolgreichsten Algorithmen im Bereich der Molekularbiologie sind Alignment-Algorithmen. Die von Molekularbiologen entwickelten Techniken und Tests liefern eine Fülle von Sequenzdaten, welche man interpretieren will. Dabei reichen die verschiedenen Fragestellungen von der möglichst schnellen Datenbanksuche in Gigabyte großen, exponentiell wachsenden Gendatenbanken bis hin zur Suche nach funktionell verwandten Sequenzstücken in mehreren Sequenzen, eine Aufgabe welche nur durch zeit- und platzaufwendige Verfahren gelöst werden kann.

Inzwischen wurden Algorithmen und Techniken aus dem Gebiet didaktisch aufgearbeitet und es existieren drei relativ neue Monographien zum Thema ``Computational Biology'', aus denen teilweise Anleihen gemacht werden, nämlich:

• Setubal, Meidanis : ``Introduction to computational molecular biology'' [SM97]
• Gusfield : ``Algorithms on strings, trees, and sequences : computer science and computational biology''[Gus97]
• Waterman : ``Introduction to computational biology : maps, sequences, and genomes''[Wat95]

Im ersten Teil dieses Kapitels geben wir eine Übersicht über gebräuchliche Verfahren zum paarweisen Sequenzvergleich und zur Datenbanksuche, im zweiten Teil behandeln wir Verfahren zum multiplen Sequenzvergleich.