Anwendungen

• Wie im Beispiel schon angedeutet, ist ein globaler Algorithmus weniger sinnvoll, wenn z.B. die beiden Sequenzen stark unterschiedliche Längen besitzen.
• Beim Sequenzieren mit der sogenannten ``Shotgun Methode''   (siehe auch Kapitel 1.5) fallen Teilstücke von Molekülen an, welche sich nur teilweise überlappen. Man benutzt in diesem Fall semi-globales (multiples) Alignment, um solche Stücke zu alignieren.