Anwendungen

• Eine beispielhafte Anwendung ist cDNA   Matching. In Eukaryoten bestehen proteinkodierende Gene aus einer abwechselnden Kette von funktionellen Stücken (exons) und Stücken, die nicht das Protein kodieren (introns). Die bei der Proteinsynthese verwendete mRNA   besteht nur aus den exons, d.h. den kodierenden Stücken. Möchte man nun in dem Gen selbst durch ein Alignment die exons finden, so geht man in der Regel so vor, daß man von der mRNA einen komplementären Strang von DNA (=cDNA)   herstellt und diesen mit der DNA des Gens aligniert. Man möchte natürlich, daß die herausgefallenen exons dabei nicht als Summe von normalen Indels behandelt werden, sondern man möchte ein solch langes Gap nicht so hart bestrafen.
• Aber auch im allgemeinen geht man davon aus, daß nicht nur Punkt-Mutation auftreten, sondern unter Umständen ganze Stücke einer Sequenz entfernt, eingefügt oder ersetzt werden.