Kostenfunktionen

Es stellt sich nun die Frage, wie man die Güte eines solchen multiplen Alignments errechnet. Wir indizieren optimale Alignments mit einem *. Also ist c(A_i,j) der Wert der Projektion eines multiplen Alignments A, projeziert auf die Indizes i und j. Wir werden nun einige Kostenfunktionen c(A) angeben, wobei das Ziel immer darin besteht, ein optimales multiples Alignment A^* mit $c(A^*)=\min_A c(A)$ zu finden.