Alignment entlang eines Baumes

In einigen Fällen hat man einen phylogenetischen   Baum T gegeben, welcher Verwandtschaftsbeziehungen zwischen den Sequenzen symbolisiert. Ein Knoten i des Baumes symbolisiert Sequenz i und Kanten zwischen den Knoten Verwandtschaftsbeziehungen. Hier kann man dann c(A) wie folgt definieren:

$$c(A)=\sum_{(i,j)\in T} c(A_{i,j})$$

Beispiel 11   Sei d(A,B)=2 für $A\neq B$, d(A,-)=d(-,A)=1 für $A\neq '-'$, 0 sonst.

                 S1 = - G C T G A T A T A A C T
 T= S1--S2--S3   S2 = G G G T G A T - T A G C T
                 S3 = A G C G G A - A C A C C T
                      -------------------------
Spaltenwert:          3 0 4 2 0 0 1 2 2 0 4 0 0 = 18