Profile Alignment

Sei A ein multiples Ähnlichkeits-Alignment. Dann gibt das profile  von A die relative Häufigkeit eines Buchstaben in jeder Spalte an. Wenn man nun einen String S mit einem Profile alignieren möchte, so wählt man als Kostenfunktion die mit den profile Werten gewichtete Summe zwischen den Buchstaben von S und den Spalten des Profiles (Übung).

Beispiel 13   Sei s(A,B)=s(X,-)=s(-,X)=-1, s(A,C)=-3, s(B,C)=-2 und s(A,A)=s(B,B)=s(C,C)=2.

S1 = A B C - A     Profile: C1   C2   C3   C4   C5
S2 = A B A B A           A: .75       .25       .50
S3 = A C C B -           B:      .75  .50  .75
S4 = C B - B C           C: .25  .25            .25
                         -:           .25  .25  .25
-----------------------------------------------------
 Spalte  Spaltenwert:
   A    1   =  0.75*2 - 0.25*3           =  0.25
   A        = -1.0 *1                    = -1.0
   B    2   =  0.75*2 - 0.25*2           =  1.0
   -    3   = -0.25*1 - 0.50*1 - 0.25*1  = -1.0 
   B    4   =  0.75*2 - 0.25*1           =  1.25
   C    5   =  0.25*2 - 0.5 *3 - 0.25*1  = -1.25
                                        -------------
                                           -0.75