Anwendungen

Man kann fast alle Anwendungen, welche man für paarweises Alignment hat, auch auf multiples Alignment übertragen (2 Strings: gut, viele Strings : besser). So ist es z.B. möglich, daß gemeinsame funktionelle Stücke in Proteinfamilien erst durch die Verstärkung eines multiplen Alignments klar hervortreten, da die paarweisen Ähnlichkeiten für sich zu schwach sind, um durch ein paarweises Alignment hervorgehoben werden zu können.

Aber multiples Alignment kann mehr. Während die obige Anwendung das Problem:

Ähnlichkeit $\rightarrow$ Funktion

adressiert, so kann erst mit multiplen Alignment das inverse Problem:

Funktion $\rightarrow$ Ähnlichkeit

angegangen werden, d.h. man weiß von der funktionellen Ähnlichkeit einiger Sequenzen und versucht nun gemeinsame Merkmale zu finden.