Motif-Suche Verfahren

Diese Methoden gehen so vor, daß sie zunächst eine Teilsequenz (oder einen Teilstring) finden, den viele der k Strings (in etwa) gemeinsam haben. Solch eine Sequenz heißt Motif (anchor, block, core, region,...).   Ausgehend von einem gefundenen guten Motif (breit, kommt oft vor), werden die Strings so untereinandergeschoben, daß das Motif aligniert ist (siehe auch Abbildung 26).

Damit zerfällt das Alignment Problem in zwei Unterprobleme, welche dann rekursiv gelöst werden bis kein genügend gutes Motif mehr gefunden wird. Die restlichen Teilprobleme werden dann iterativ gelöst.

  

Abbildung 26: Motive in Strings werden aligniert