Stochastische Verfahren

 
Hidden Markov Modell
Hier ist es das Ziel ein probabilistisches Modell für die betrachtete Sequenzfamilie zu erstellen. Ausgehend von einem Profile P eines multiplen Alignments A werden alle Sequenzen an P aligniert, was ein neues multiples Alignment A' mit Profile P' ergibt. Diese Prozedur wird iterativ solange durchgeführt, bis es keine Veränderung mehr gibt. Das statistische Modell, welches benutzt wird heißt Hidden Markov Modell.  
Gibbs sampling
ist eine randomisierte Methode, gemeinsame lokale Muster in den k Sequenzen zu finden. Iterativ werden dann mehrere solcher gefundenen Muster gefunden, welche dann in ihrer Gesamtheit ein multiples Alignment bilden.