Sequenzierung

In diesem Kapitel beschäftigen wir uns mit folgendem Problem: Sequenziere ein vorgegebenes DNA-Molekül, d.h., bestimme die Reihenfolge der Basen (vom (5')-Ende zum (3')-Ende) in einem der beiden komplementären Stränge des vorgegebenen Moleküls. Der komplementäre Basenstrang kann dann mit Hilfe der Basenkomplementarität auf triviale Art und Weise bestimmt werden. Meist startet eine solche Untersuchung mit wenigen Kopien des Moleküls, oft sogar nur mit einer einzigen. Im ersten Schritt werden also zunächst einmal ausreichend viele Kopien des Moleküls mit Hilfe der Polymerase-Chain-Reaction oder mit Hilfe von Cloning hergestellt (siehe Kapitel 1). Falls es sich um eine kurze DNA-Sequenz (<1000 bp) handelt, kann eine direkte Sequenzierung mit Hilfe der Gelelektrophorese  durchgeführt werden. Wir betrachten hier zunächst den Fall, daß die DNA-Sequenz von mittlerer Größe ist, d.h., das DNA-Molekül ist einige 10000 Basenpaare lang.