Gefördert vom DFG Schwerpunktprogramm "Informatikmethoden zur Analyse und Interpretation grosser genomischer Datenmengen" fand vom 22.-24.11.99 am Institut für Molekularbiologie und Biochemie der Freien Universität Berlin ein Arbeitstreffen zum Problemkreis Automatische Sequenzannotation statt. Er diente dem Ziel, alle im Schwerpunktprogramm verfügbaren Verfahren zur Schätzung und Prüfung von regulatorischen Signalen, Splice-Stellen, Exons, Introns und Genstrukturen zu erfassen und deren kombinierten Einsatz in der automatischen Sequenzannotation zu diskutieren.
Folgende Vorträge fanden statt:
| Stefan Kurtz: | Applications of Suffix Trees in Sequence Annotation |
| Klaus Hermann: | Construction of training samples for gene finding programs |
| Volker Brendel: | Gene structure prediction by spliced alignment of genomic DNA with protein sequences: Increased accuracy by differential splice site scoring |
| Alexander Zien: | Use of Support vector Machines to localize translation starts |
| Ralf Schneider: | Methods to estimate and evaluate start signals in the transcription |
| Klaus Hornischer: | Annotation practice in the public human genome project: The need for a new tool to automatically make first pass annotation and its realization by AnnoMitters |
| Juergen Kleffe: | New applications of GeneGenerator |
Die Vorträge waren sehr ausführlich gehalten, dauerten 2-4 Stunden und implizierten durchweg interessante Diskussionen. Erste Ergebnisse der auf dem Workshop gegründeten Kontakte liegen bereits vor. In das von Volker Brendel vorgestellte Programm GeneSeqer wurde in Zusammenarbeit mit Stefan Kurtz Suffix Tree Techniken eingebaut, die das Programm etwa 10 mal schneller machten und den notwendigen Speicherplatz reduzierten. Es wurde eine GeneGenerator Variante erarbeitet, die die von GeneSeqer angezeigten "spliced aligments" zur Schätzung von mehrfachen Genen in langen BAC Sequenzen ausnutzt.
Alle Teilnehmer des Workshops fanden die gewonnenen Erkenntnisse die Reise wert. Professor Brendel organisiert angeregt durch den Workshop in diesem Jahr eine ähnliche Veranstaltung an der Iowa Universität.
Weitere Auskuenfte erteilt Dr. Kleffe.